故事发生在苏美冷战时期，本游戏分为“贞洁行动（Virtuous Mission）”与“食蛇者行动（Operation: Snake Eater）”两个部分。前者即为游戏的序幕部分，是让玩家熟悉本作操作与环境的部分。
贞洁行动——1964年8月24日，正式组成的特种部队“FOX”（Force Operation X）首次被赋予的实战任务，援救苏联的武器开发者索科洛夫，协助他脱逃苏联前往美国。索科洛夫开发的新型核武器兵器正在演习中的间隙，“FOX”的特工Naked Snake（意为“裸蛇”，因为Snake没带任何真正的武器）以历史上首次的HALO式跳伞（High Altitude Low Open，即“高跳低开跳伞”）降落被空投在了索科洛夫的研究所附近。“贞洁行动”就这样的情况下开始了。
食蛇者行动——“贞洁行动”失败的一周后。在美国总统约翰逊与苏联部长会议主席赫鲁晓夫的协商下而产生的任务，为了救出被敌人掳走的索科洛夫，然后破坏他所开发的新型核武兵器“Shagohod”（本作的BOSS之一，《MGS》历代都会挑战的大型兵器类BOSS)，并且抹杀逃亡到苏联的“The Boss”。Snake再次潜入敌人的阵营。以消灭“The Boss”及其麾下的眼镜蛇特种部队（Cobras）为由命名，“食蛇者行动”开始了。

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