遥远的东方国家，日本国充满了黄金宫殿与宝石。知晓此一事实的元国皇帝忽必烈派出大军侵略，而日本国的军队却使用“奇迹之石”反击。精华也被称为奇迹之石、贤者之石……

英格兰女王为了掌握世界大权，持续与“日不落国”西班牙进行大规模的战争，不断处于劣势的女王与其支持者转而依赖使用了精华的占星术与炼金术，命令海盗收集精华。透过这股力量，他们成功了击败无敌舰队。但现在他们想将这个术法隐藏于世间。

日本战国时期，丰臣秀吉逝世后德川家康与石田三成相互争夺天下的故事。在得到岛左近和大谷吉继两人的支持后，石田三成终于得以率领西军与德川家康的东军于关原展开大决战，赢者将能够统一日本全国。主角威廉也因此陷入了两大势力当中。

天下人太阁秀吉亡故，如今这个国家由两位武士争夺著霸权，一位是继承丰臣遗志的石田三成，另一位是服部半藏的君主德川家康，家康任命服部半藏与西国大名们进行交涉，服部半藏前往九州。城镇出现了鬼魅魍魉，大名门头痛不已，服部半藏想借助威廉斩鬼的武艺，为交涉带来良机。