2007 年 Solid Snake 成立了反 Metal Gear NGO 组织“Philanthropy”,为了追寻神秘之新型 METAL GEAR,不幸掉进前 FOXHOUND 成员 Ocelot 的陷阱里,Snake 连同油轮一起消失在哈德逊湾中。两年后,于湾内建造的原油处理设施 Big Shell 被恐怖分子所占据,恐怖组识主谋自称为传闻已死的 Solid Snake。为了救出成为人质的美国总统,政府派遗了新生 FOXHOUND 部队新人“Raiden”前往 Big Shell 展开拯救行动。