虽然拥有“最强法务部”，但任天堂的游戏事业并非一帆风顺。近几年里，任天堂先后在版权等等问题上遭遇了诸多事件，其中有一些影响力很大。

屡禁不止的城市卡丁车旅游项目

2017年初，任天堂以侵犯知识产权为由，向东京MariCAR公司寄出律师函，并向东京地方法院提起诉讼。至此，任天堂与MariCAR之间的法律纠纷，成为了任天堂众多诉讼案件当中，最有看点的一次法律“拉锯战”。

它的主营业务就是向游客提供日本东京、大阪、京都地区的“卡丁车之旅”高度定制服务，游客可以选择卡丁车外观，选择卡通角色的服装（以任天堂的角色居多），选择自己喜欢的飙车音乐，然后在日本著名的旅游城市中穿梭。

MariCAR公司的正规化程度超出一般人的想象，并成为了一项当地十分火爆的旅游娱乐项目，在社交网络的大量评价来看，它似乎就是任天堂的授权项目，而且和在小商店买到“邪神”皮卡丘不同，这项服务的用户体验非常好，没有人怀疑它的正规性。

2018年9月27日，经过了一年多的时间，东京地区法院终于做出了判决，要求MariCAR停止相关侵权行为，并赔偿任天堂9万美元，这场诉讼案毫无意外地以任天堂的胜利暂时告一段落，之所以是告一段落，是因为MariCAR不服判决，要求继续上诉，而这项“卡丁车之旅”服务直到今天也没有停止。

与《白猫计划》手游之间的著名官司

《白猫计划》作为日本地区顶级手游之一，从2014年上市后，在中国和日本等地收获了大量核心粉丝，并多次位于iOS畅销榜的首位，直到今天，其依然位于畅销榜单前30名单重，堪称colopl的摇钱树。

不过，　任天堂在2018年向法院起诉手游《白猫计划》开发、运营商Coropla公司侵权，《白猫计划》开发、运营商Colopl公司1月10日确认将与任天堂公司对簿公堂。任天堂方面要求索赔44亿日元。然而，Coropla公司表示，在仔细严肃地研究一年之后，并没有发现侵犯任天堂专利权的情况，他们坚称游戏并未侵权。

这一事件引起了《白猫计划》粉丝对任天堂的强烈不满，其中一位粉丝还亲手砸毁了一台Switch并发布到社交媒体上，在当时引起了广泛讨论。

《任天堂全明星大乱斗》曾被指种族歧视

在2018年底，《任天堂全明星大乱斗特别版》的一次宣传中涉嫌对印第安人的种族歧视，而面临“政治正确”的舆论声讨。

起因来自于一段游戏的战斗动画，GW先生(Mr.Game & Watch)头戴印第安人发饰，向1982年游戏《Fire Attack》致敬。在这款游戏中玩家要帮助一名牛仔保卫堡垒，抵挡印第安人的进攻。出现这画面内容后，许多人都认为有种族歧视，并在ResetEra和Reddit等论坛引发争议。 

现在任天堂表示，他们将从游戏中删除这内容，并向粉丝们道歉，称这画面不代表公司的价值观。

日本音乐人指责任天堂LABO剽窃创意

任天堂LABO纸盒充满了各种创意，然而有人指责这个纸盒的创意涉嫌抄袭。

日本的开发者南云玲生声称自己早于任天堂想到“纸壳键盘”这一创意的，并且早在2017年2月美国乐器展（NAMM SHOW）期间就制作了原型机进行展示。

被抄袭的产品是名为KAMI-OTO的折纸键盘，其是为ipad量身定做的，并配合特殊app，可以在纸盒上弹奏音乐。

在外观上，它和LABO的纸盒钢琴确实十分相似，但LABO是利用IR摄像头的距离感应来判断翘起的不同键位从而让主机发声，而KAMI-OTO则相当于在蓝牙键盘上套了个壳子假装自己是音乐键盘，二者在原理上完全不同。

而这位音乐人曾经是科乐美负责参与开发《流行音乐》《狂热节拍》的制作人之一，社交媒体对这位音乐人的“蹭热点”行为进行批判还不够，还把矛头指向了科乐美公司，认为科乐美出来的制作人，人品都很有问题。