宝可梦巢穴（日文︰ポケモンの巣，英文︰Pokémon Den）是进行极巨团体战的地点。所有的宝可梦巢穴都位于伽勒尔地区的旷野地带，一共有99个宝可梦巢穴。

机制

只有发射光柱的宝可梦巢穴才能够进行极巨团体战。宝可梦巢穴每天会随机发射光柱。在某个巢穴进行极巨团体战后，该巢穴就会变成空的巢穴。在玩家进行大量极巨团体战后，便会使更多宝可梦巢穴发射光柱。宝可梦巢穴也可以通过使用许愿星碎片或许愿星块来让其发射光柱。

在游戏内部数据中，99个宝可梦巢穴对应着93个宝可梦分组。这93个分组又分为42个普通组和51个稀有组。每个宝可梦巢穴分别对应着其中1个普通组和1个稀有组，故而每个宝可梦巢穴出现的宝可梦都是这两个分组中的宝可梦。不同版本的分组包含的宝可梦有可能不同。

宝可梦巢穴分为多种状态：空的、有少量能量流出、发射红色光柱、发射紫色光柱。发射红色光柱的宝可梦巢穴有几率散发金色光芒，紫色光柱的宝可梦巢穴必定散发金色光芒。发光的宝可梦巢穴出现的极巨化野生宝可梦都是稀有组的，更容易出现拥有隐藏特性、蛋招式、高个体值和超极巨化的宝可梦，同时在对战结束后也更容易获得更稀有的道具，并获得大量瓦特。有少量能量流出的宝可梦巢穴不能进行极巨团体战，但可以收集少量瓦特。在收集瓦特或进行团体战之后，巢穴就会变回空的。

与此同时，旷野地带还会在一些日期出现事件宝可梦巢穴。事件宝可梦巢穴出现的宝可梦不受宝可梦分组的影响。