紧接前作《刺客信条：启示录》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）与同伴肖恩·海斯汀（Shuan Hastings）、丽贝卡·克琳（Rebacca Crane）及父亲威廉·迈尔斯（William Miles）已找到“第一文明”（First Civilization）成员朱比特（Jupiter）所示，位于美国纽约的中央密室。戴斯蒙利用“第一文明”古代遗物“伊甸碎片”（Piece of Eden）进入和重新启动密室后被激发“血缘效应”（Bleeding Effect）晕倒在地，随即被送回基因记忆追溯机器“Animus 3.0”，进入其分别活跃于美国革命时期两名祖先之记忆：英藉圣殿骑士祖先海尔森·肯威（Haytham Kenway），以及拥有英国及莫霍克人血统之刺客祖先拉顿哈给顿（Ratohnhaké:ton）。

1754年，海尔森于伦敦皇家歌剧院刺杀了一名刺客并夺去其身上的纹章，经圣殿骑士团研究后认为该纹章是开启“第一文明”位于美洲某密室之钥匙，遂派遣海尔森前往波士顿与查尔斯·李（Charles Lee）等人共同寻找密室，过程中海尔森杀了一名奴隶贩子并救出多名美洲原住民，包括一名为卡尼耶蒂依翁（Kaniehtio）的莫霍克族女性。卡尼耶蒂依翁在海尔森刺杀把她族人赶出土地的英军领导者后把他带至刻有与纹章上相同图纹的洞穴（戴斯蒙众人现今所在地），但海尔森发现纹章并非开启密室入口的钥匙，二人其后发生关系。海尔森回到波士顿向众人报告后开始策划建立美洲殖民地的圣殿骑士分部，并正式邀请查尔斯加入圣殿骑士团。

海尔森与卡尼耶蒂依翁之子拉顿哈给顿不久后出生并逐渐成长。1760年，四岁之拉顿哈给顿与同伴在林中玩耍时被查尔斯逼问其村落位置，拉顿哈给顿拒绝回答后回家但发现村落被纵火，其母也被困火场丧生。九年后村落被重建，拉顿哈给顿按族母指示接触其部族保管的“伊甸碎片”，“第一文明”成员朱诺（Juno）告知拉顿哈给顿其村落及族人将被毁灭，并着他寻找一个符号（刺客组织徽章），族母获悉后指示他寻找刺客宗师阿基里斯‧达文波特（Achilles Davenport）。阿基里斯在拉顿哈给顿的坚持下妥协愿意提供训练，并给予他康纳（Connor）之别名以隐藏其原住民身份。

自1773年开始，康纳刺杀各美洲圣殿骑士及阻止了爱国者总司令乔治·华盛顿（George Washington）遭刺杀，其后在协助夺回爱国者被抢夺物资时遇上了父亲海尔森。虽然康纳认为刺客组织与圣殿骑士团目标一致有望合作，但海尔森坚持以查尔斯取代华盛顿领导美国。二人完成任务后与华盛顿会面，海尔森乘机向康纳透露一信件，表示华盛顿因部分原住民暗中协助英军而下令消灭包括康纳族人在内的原住民，康纳获悉后愤然离开二人回村并赶及刺杀传达灭族命令的士兵，其后发现村落虽然无恙但已有数名村民被查尔斯煽动前往袭击爱国者，康纳赶在双方发生冲突前击昏所有村民，但其儿时好友嘎纳多贡（Kanen'tó:kon）被查尔斯迷惑而认为康纳站在华盛顿一方与族人为敌，迫使康纳于搏斗中把他杀死。

1781年，查尔斯被华盛顿贬黜并藏身纽约乔治堡，康纳在舰艇炮击乔治堡作掩护下潜进堡垒但被波及负伤并遇上了海尔森；查尔斯已携同纹章逃走。康纳随即与海尔森战斗并在将被勒毙之际把父亲刺死，其后在一轮从波士顿码头至蒙茅斯县的追逐后终在一所酒馆内刺杀查尔斯及夺回纹章。六个月后康纳回到村落发现所有族人均已迁离，只有“伊甸碎片”被留下，康纳在触及碎片后按朱诺所言把纹章藏起：埋在阿基里斯已故儿子康纳·达文波特（Connor Davenport）之墓中。

戴斯蒙等人掘出纹章后终能进入密室最深处，朱诺也现身指示戴斯蒙启动其所指之台座以拯救地球免被耀斑摧毁，但此时“第一文明”成员弥涅耳瓦（Minerva）现身警告触及台座不但会夺去戴斯蒙性命，且会释放朱诺让她征服世界：当年“第一文明”与人类发生战争时朱诺因企图把本用于拯救世界的机械满足一己私心而被囚禁。朱诺解释如果耀斑摧毁地球，戴斯蒙及少数幸存者会在残存之世界中成为宗教象征，但其理念将被错误诠释而导致人类重回愚昧。戴斯蒙最终选择朱诺所示之世界，并在启动台座后死去，地球逃过被毁灭的命运同时朱诺也被释放，向倒地的戴斯蒙道谢后表示将会“扮演自己的角色”。

1783年美国独立战争结束，康纳发现其村落所属土地被出售作为战争赔偿；英军其后完全撤离美国，但康纳在民众为其国家取得独立和自由欢呼之际看见码头一方有贩子正在出售奴隶。