故事的开始 “格兰兹瓦托之贤人”出自于其人格而残留于各地之“贤人遗物”，至今仍为人们所研究之对象，该不可思议之力量，最终被称为“炼金术”。主角奈尔克．冯．露修塔姆即为憧景著贤人的贵族少女，虽然遗憾没有炼金术的才能，但是，感觉既然身为贵族，就必须为人们做出贡献的她，也打算如同其他的贵族一样，成为官员而迈向贡献国民之途。但是，就在即将迎接毕业的数日前，情况为之一变。在父亲的领地之威斯忒巴尔特村附近，发现了“贤人遗物”。“希望可以自己动手找出贤人遗物”如是想的奈尔克向领主父亲垦求，以遵守约定为条件，实现了可以以负责管理管的身分赴任前往。而“大大的发展威斯忒巴尔特”，即为该约定的内容。虽然威斯忒巴尔特是一处位于自然环境丰富的乡下村落，但是，从以前以来，就有著将其发展为交易据点的计画。以代理领主之负责管理官的身分前往，并实现计画便是要求奈尔克达成的工作。一开始，奈尔克在工作及课题上吃了不少苦，但是藉由接踵而来的炼金术士们及居民们的助力，村庄朝著镇、市而不断发展。而在探索贤人遗留于此地的“格兰兹瓦托之树”谜底过程中，奈尔克也为之成长为可以独当一面的人。